抗生素對發酵中藥飼料作用效果的影響，主要體現在對制劑中益生菌的殺滅作用。經過體外藥敏實驗驗證，結果表明絕大多數抗生素對常見益生菌如芽孢桿菌、乳酸菌均具有很強的抑制作用。發酵中藥的本質是利用益生菌的生物轉化作用，對中藥材進行加工炮制，得到的一種新型中藥制劑，是以發酵型中藥成分為主，同時含有益生菌、酶、維生素等物質中的一類或幾類成分的復合物。

　　根據發酵中藥飼料中成分種類的不同，可將其分為含活菌和無活菌兩大類，因此，抗生素與發酵型中藥在聯合應用方面會出現協同和拮抗，并以協同為主的作用效果，主要原因是發酵中藥中益生菌發揮作用所占比重較小，是否將含活菌類發酵中藥與抗生素聯合應用，可視病情而定。

　　例如，無活菌型發酵清熱解毒類中藥，在治療某些嚴重的細菌、病毒性疾病時，與抗生素聯合應用效果較好;活菌型發酵中藥則要根據病情的需要，在目標功能上做取舍，是選擇抗菌、抗病毒、還是利用益生菌的改善腸道菌群平衡作用，視具體情況而定。