益生菌摻入飼料和飲水進入動物腸道后，與腸道內有益菌一起形成強有力的優勢種群，抑制和消滅致病菌群，同時分泌與合成大量氨基酸、蛋白質、維生素、各種生化酶、抗生素、促生長因子等營養與激素類物質，以調整和提高豬只機體各器官功能，提高飼料轉化率，對豬只產生免疫、營養、生長刺激等多種作用，達到防病治病、提高成活率、促進生長和繁殖、降低成本、消除糞尿臭味、凈化環境、增產增收等明顯效果。其具體作用表現為：
  1、提高飼料轉化率，降低成本
　 經EM益生菌發酵或處理過的飼料大分子有機物被分解為小分子有機物，更有利于動物體的吸收利用，加之菌體本身及其合成分泌的活性酶等物質均大大提高了飼料的營養價值。經測定，全能益生菌發酵飼料中所含18種氨基酸總量明顯增加，且適口性好，豬只喜食。飼喂益生菌飼料一般可使料肉比下降10～20％。
　 2、對各種常見病有奇特的防治效果
　 益生菌能提高豬的免疫力和抗病性，降低發病率。增進動物健康，有效控制預防痢疾、球蟲、大腸桿菌及呼吸系統疾病發生。
　 3、促進生長，提高日增重
　 縮短飼養時間乳豬較常規飼養日增重增加40％以上，育肥豬一般可提前10天上市；對僵弱豬能改善生長性能，逐步恢復到正常豬的生長速度。
　 4、除臭、降氨，改善飼養環境
　 飼料中長期添加全能益生菌，有益微生物在大腸中產生氨基酸、氧化酶及硫化物分解酶，將產生臭氣的吲哚類化合物完全氧化，將硫化氫氧化成無臭無毒的物質。使養殖臭氣、氨氣含量顯著下降，場內外無氨、臭味。