微生物發酵飼料是活菌制劑，各種不良因素均能使其活性降低，甚至喪失作用。使用微生物發酵飼料的關鍵是保證這些微生物被混入飼料后，能保持活性，直至被采食進入動物腸道，并在腸道相應的部位定位繁殖。在飼料加工、貯存過程中，諸多因素都會對活性保持有不利影響，影響程度視微生物種類及形式不同而異。

1、水分：微生物在干的狀況下，存活情況較好;水分升高、時間延長，存活率降低。不同細菌對水分的耐受力明顯不同，孢子型細菌耐受性更好，腸球菌、糞鏈球菌次之，乳酸桿菌再次之，酵母對水分的耐受性較好。

2、氧氣：將微生物發酵飼料置于氧氣下，厭氧非孢子化的微生物，無疑易遇毀壞。乳酸桿菌露空耐受性較差，可與脫氧劑密封保存。

3、溫度：當溫度升到適量的程度時細菌復活，因養分耗盡而死亡。環境溫度過高時，菌體也因蛋白質變性死亡。

4、濕度：濕度過大，空氣中有些細菌會感染活菌制劑，使活菌細胞遭到破壞。

5、紫外線：紫外線能殺死細菌，故益生菌**干燥避光保存。