雖然大量試驗表明，在生產上添加微生物發酵飼料有利于提高畜禽的生長性能、健康狀況和經濟效益，具有較好的應用價值等諸多優點，但是由于我國的技術水平比較落后，存在著一系列的問題。

　　我國發酵飼料比國外發展晚，生產設備落后，缺乏專業的技術人員。目前，我國發酵飼料廠家規模比較小，沒有檢測、監控條件，生產設備不完善，技術人員對發酵飼料行業的知識了解的比較少，這樣使得生產出來的發酵飼料存在安全隱患。由于發酵飼料生產廠家規模有限、資金周轉量少，某些廠家不在正規單位購買菌種，因此用于發酵的菌種可能含有雜菌，導致了發酵飼料營養水平低下。

　　消毒、滅菌是發酵飼料的重要環節，是決定發酵飼料成功與失敗的關鍵，但是很多廠家還沒有建立起一套完整健全的管理制度，例如倉庫管理不當、環境衛生差等都會影響發酵飼料的質量。發酵飼料生產廠家規模小、技術相對落后，生產的發酵飼料產品純度低、菌種較雜，動物食用后會出現腹瀉等癥狀，并在飼料中增加桿菌肽鋅和金霉素等抗生素藥物的使用，大量使用生長促進劑，給畜禽產品帶來藥物殘留的問題。因此，就目前來看，我國的發酵飼料生產技術、設備、添加量和使用模式等各方面都還落后于歐美等國家。